Serge микроядро тем хорошо что его очень просто "отполиравать" не затрагивая всю структуру ОС.
Файловую систему не только можно но и нужно вынести из состава ядра и не только файловую систему но и сервер мышки, сервер видео, сервер клавиатуры и т. п. А загрузить это все очень просто например:
Имеется начальный загрузчик который загружает в память все что прописано в конфигурационном файле, это ядро, сам конфигурационный файл, драйвера и приложения (все то что не обходимо для пользователя) и передает управление на ядро. А ядро само запускает по списку из загруженного конфигурационого файла, то что уже находится в памяти, приложения, драйвера, ту же файловую систему например.
Беда в том что на данном этапе развития Колибри все это врятли удасться "прикрутить"