1. Главная проблема: в папках используется самобалансирующееся дерево, которое должно всегда расти только из корня и оставаться симметричным. Но в узлах нет указателей на надузлы, из-за чего движение назад к корню возможно только при рекурсивном чтении. Я старался максимально использовать имеющийся код, потому везде используется ntfs_find_lfn, то есть циклическое чтение до нужного узла. Потому, если непосредственно в папке 500-1000 файлов, используется костыль - удлинение ветки. Драйверу из линукса пофиг несимметричность дерева, а вот у винды происходит детская неожиданность, при чём chkdsk не находит ошибок
viewtopic.php?f=31&t=659&start=180#p679472. При удалении последнего индекса из листа, узел нужно удалить, а указатель на него переместить из надузла в соседний узел. Сейчас пустой узел удаляется только при удалении указателя, из-за чего после удаления из папки большого количества файлов в дереве могут присутствовать пустые узлы. Линуксу это тоже пофиг, а вот винда срёт кирпичами (папка повреждена). Но это chkdsk исправляет запросто.
3. При удалении индекса из ветки нужно переместить из листа предыдущий индекс на замену. В редких случаях, если узел-ветка заполнен под завязку, а замена больше удаляемого индекса, то места может не хватить. До изменения состояния дерева удаление такого файла не поддерживается.
4. Количество файлов на разделе ограничено одним кластером битовой карты MFT (при желании, решаемо).
5. В файловую запись влазит максимум 100-200 фрагментов файла. Если записывать большой файл дико мелкими кусочками (например, 256 КБ), а пустое место на разделе сильно фрагментировано, то максимальный размер файла может быть ограничен. Большее количество фрагментов реализуется такими диким костылём ($ATTRIBUTE_LIST), что проще сделать дефрагментацию на лету.
6. Не поддерживается: разреженные файлы, сжатие, шифрование, журналирование, индексирование, потоки, квоты, права доступа, точки монтирования и т.д. и т.п...