У меня тоже были проблемы с FASM-ом(версия 1.54).Я написал программу совершенно правильно с точки зрения ассемблерного синтаксиса.Три раза компилировал- он сообщал об ошибке,а в четвертый раз(при этом я совершенно ничего не менял в программе) сообщил об удачной компиляции(из-за этого Иван Поддубный подумал,что я незнаю ASM).
Хорошо,что сейчас таких проблем нет.
Я использую FASM для Windows. У меня в какой-то день FASM не хотел выводить адрес метки (я написал соотвествующий макрос) - только разность адресов меток, а в другой день скомпилировал - все нормально, выводит и разность адресов и просто адрес. Больше этот глюк не повторяется.