Это не троллинг мс, если у тебя будет много мелких файлов, то вполне логично увеличить $MFT (маленькие файлы могут писаться напрямую в $MFT), а если в $MFT много свободного места, а на диски мало, то MFT автоматически сокращается не обращая внимания на эти ваши 12,5%. достаточно пары таких циклов переполнения диска и $MFT фрагментируется в силу естественных причин. Да, и в самой $MFT первой записана $MFT, где собственно и записано сколько зарезервировано под неё, т.ч. всё там отмечается...
Расположение $MFT у более медленного края (ближе к шпинделю) логично т.к. там выше скорость рандомного доступа, что полезно для записей о файлах, собственно маленьких файлов и баз данных (вот почему для БД существует отдельный класс НЖМД) для максимально быстрого доступа к конкретной записи или маленькому файлу. У современных НЖМД также существует особенность позволяющая балансировать между скоростью последовательного и рандомного доступа, которую пока не использует ни один из существующих программных кодов...
Говорить 12,5% это мало или много неверно. Стоит говорить, что 12,5% много для файлов не меньше стольки-то Кб. Тогда для того чтобы ответить на твой вопрос надо знать среднестатистическое распределение количества файлов по их размеру... И вообще, 0.125 это красивое число 1/8

Есть такие варианты:
- скачать W10 и посмотреть как это сделано там, чтобы поддерживать последнюю версию NTFS;
- взять за основу совместимую версию помладше (плохо с т.з. будущей совместимости, но может быть чуть проще);
- писать свою версию NTFS.